自动化系发展基金设立于2013年，隶属于清华大学教育基金会，致力于推动我国教育事业的发展，提供教育质量和学术水平。基金分为两类：专项基金和讲席教授基金。其中，专项基金是指为自动化系环境建设、学生学习与创业所设立的基金项目，包括：奖助金、学生创业金、基础建设金等；讲席教授基金是我系二级学科巩固和加强师资力量所设立的基金，用于建设世界一流的师资队伍，并对从事探索性研究的教师提供支撑。