系统工程教研室（研究所）成立于1979年，由我国著名的自动控制、系统工程、管理科学与工程专家郑维敏先生担任第一任所长，1981年设立全国首批系统工程博士点（全国仅5个）。
研究所依托“系统工程”二级学科，主要研究方向包括：非线性系统建模理论与方法，智能交通系统工程，复杂系统理论与应用，优化调度理论与应用，控制与决策分析，智能网联与控制等。重点结合自动化系的学科规划，以无人系统为依托，开展车路协同环境下新型混合交通群体智能控制和基于车路协同的自动驾驶理论方法与关键技术的研究；以工业智能为依托，开展以能量网络模型为核心的信息物理融合能源系统和群智能分布式分层智能决策机制的研究；以智能系统测评为依托，开展一般智能系统与技术的智能性测评分析和测试验证理论方法与关键技术的研究；以智慧城市为融合目标，融合交通能源系统构建智慧城市的信息物理系统，并基于智能与网络化复杂系统研究智能群体决策与控制理论体系。
在科研方面，近年来，研究所共主持承担和完成国家实验室、国家重点研发计划项目、国家 973 项目、国家 863 项目、国家十一五科技支撑项目、国家自然科学基金重点项目、面上项目、国家十一五科技攻关项目、北京市科委项目、重大横向项目等 60 余项科研项目；荣获国家科技进步奖一等奖 1 项、二等奖 2 项、国家自然科学奖二等奖2项、省部级科研奖励 10 项。主持科技部 111 高水平引智计划 2.0项目 1 项，是何毓琦讲席教授组依托基地。
研究所拥有智能与网络化系统研究中心和智能车路协同与自动驾驶研究中心，同时拥有智能交通系统联合实验室和清华 - 清鹤视频场景融合联合研究中心，在北京信息科学与技术国家研究中心设有研究方向，并深度参与清华大学 - 美团数字生活联合研究院科研工作。
在教学方面，研究所承担了《系统学》《凸优化》《系统建模理论与分析》《软计算理论与方法》《智能交通系统概论》《英文科技论文写作》《大数据伦理》等研究生课程，以及《运筹学》《系统工程导论》《智能交通系统新生研讨课》《多媒体技术及应用》《数据结构》《计算机网络及应用》《智慧网联系统》等本科生课程的教学任务。同时，为加强本科研究生贯通的教学培养理念，成立了“智能与决策分析”课组，在原有系统学课程的基础上逐步开设智能与决策分析课程；为加强本科自动控制和研究生线性系统理论课程建设，成立了控制课组，在保证已经获评国家级在线精品课程线性系统理论的基础上，努力建设本科自动控制国家级在线精品课程；进一步做好已经获评国家级在线精品课程的研究生素质课《英文科技论文写作》的建设。
