工业智能与系统研究所的前身是工业企业自动化教研组。1970年自动化系建系，工业企业自动化教研组由电机系转入；1978成立系统模拟实验室，后改名为系统仿真实验室、系统仿真研究室；1987年6月，国家开始论证和实施“计算机集成制造系统（CIMS）实验工程”。1992年，筹建国家CIMS工程技术研究中心。1995年，国家CIMS工程技术研究中心获批并正式挂牌。1999年，工业企业自动化教研组、CIMS中心、系统仿真研究室组建系统集成研究所。2020年，由于学科调整，研究所更名为工业智能与系统研究所。
研究所依托 “工业智能与系统”二级学科建设，主要研究方向为：复杂生产过程计划与智能调度、分布式协同控制及其优化决策、大规模网络化系统基本特性分析与结构辨识、智能研发设计与虚拟仿真及数字孪生、智能感知与机器学习理论及应用、设备健康管理与智能维护、产品表面制造质量智能检测、智能服务与企业集成、工业互联网技术与应用、众智科学与工程、智能生物制造与生物医药、机器人智能操作与人机交互、深海机器人关键技术与系统等。
在科研方面，研究所作为国家 CIMS 工程研究中心的主体部分，在我国 CIMS 的发展历程中发挥了牵引与导向作用。先后完成了国家863 计划重大攻关项目“CIMS 实验工程”、“并 行工程”、“CIMS 应用集成平台”、“虚拟制造”、“敏捷供需链”等以及重大工程项目“成都飞机公司CIMS 工程”、“广东华宝空调器厂CIMS 工程”、“山西经纬纺机公司CIMS 工程”、 “广东溢达纺织公司车间调度系统”等。近年来，围绕我国“智能制造”和“新一代人工智能”发展战略，先后主持国家 973 项目“复杂生产制造过程实时智能控制与优化理论方法”、国 家“新一代人工智能”基础前沿重大专项“复杂制造环境下的协同控制与决策理论方法”和 国家自然基金委重大科学仪器研制项目“深海可控式可视化采样器关键技术研究与样机”等国家重大项目、国家自然科学基金重点项目、科技部重点专项项目和课题 60 余项。20 余年来，获国家科技进步二等奖 4 项，省部级科学技术一等奖 8 项，二等奖 13 项。
在教学方面，研究所承担了自动化系本科生课程 10 余门，包括 CIMS 导论、企业信息化系统与工程、生产系统计划与控制、应用随机过程、运筹学、计算机仿真、计算机语言与程序设计、数据结构、数据库系统原理等。
