生命科学与信息科学的深度交叉与融合是未来科学发展的一个重要趋势，从人类基因组计划完成到人类细胞图谱计划的启动，随着人类对基因组信息认识从局部到系统、从只读到读写、从解读到设计的飞速发展，生命系统已经成为信息科学的重要研究对象之一。
清华大学自动化系生物信息学研究中心是在李衍达院士带领下从上世纪九十年代开始发展的前沿交叉学科研究基地，是清华大学交叉学科学术特区，交叉学科建设获国家级教学成果奖，2017年获得国家自然科学基金创新研究群体，先后主持国家973计划新一代测序生物信息学项目、国家重点研发计划精准医学数据挖掘与关键信息技术项目、陈扎克伯格基金会人类细胞图谱项目等。
研究中心主要研究方向包括：生物和医学大数据的机器学习和人工智能分析的理论、方法与应用，单细胞基因组学与人类细胞图谱，网络药理学与中医药现代化，合成与系统生物学，各种新一代测序数据的分析，医学遗传学，医学影像与医学大数据区块链应用等。
