自动化系何毓琦讲席教授组和“智能与网络化系统研究中心”（简称智网中心）成立于2001年10月，其宗旨是利用系统分析方法和信息科学技术，为复杂网络化系统的分析、设计和运行提供良好的人才培养和科学研究环境。中心聘请了美国哈佛大学何毓琦教授（美国工程院院士，中国科学院、中国工程院两院外籍院士）和美国伊利诺伊大学Basar教授（美国工程院院士）担任首席科学家。首任中心主任管晓宏教授（中国科学院院士）于2003-2008年担任我校自动化系主任，帮助我校控制科学与工程学科在教育部学科评估中取得了排名第一的出色成绩，现任我校双聘教授、智网中心成员和讲席教授组成员。现任智网中心主任是赵千川教授（国家杰青），副主任是贾庆山副教授（国家优青）。智网中心主要研究方向包括信息物理融合能源系统、制造系统、智能建筑、智慧城市及供应链管理等。智网中心承担多项国际科研课题和企业合作项目，科研成果分别于2009年和2018年两次荣获国家自然科学二等奖。在讲席教授组及智网中心的基础上组成的国际合作团队，得到了国家“111创新引智计划”的支持，成为我校第一个、也是全国同类学科第一批获得此项计划支持的团队，2018年升级为“智能与网络化系统”高水平引智基地2.0项目，已成为我校对外合作的重要窗口和基地，为我校建设控制科学与工程一流学科发挥了重要作用。讲席教授组成员和智网中心本地教师密切合作，共计合作培养研究生逾百名。每年都有数位世界知名的学者来中心访问和学术交流。已来访的学者中包括10余名美国工程院院士、30余名IEEE Fellow以及多位IEEE/ACM Transactions主编。
大规模复杂系统的安全控制技术对保证系统安全可靠运行，提升系统可用性，降低维护成本至关重要。系统功能的进一步提升势必要求相应的安全控制技术获得新的突破。对故障的理解与处理、以及对系统性能的准确评估将是提升大规模复杂系统智能化水平的必由之路。安全控制技术研究中心将凝聚本方向优势力量，集中精力在此方向上进行攻关，研究高炉、高速列车、深海载人潜水器、大型电厂控制系统等动态系统的故障诊断、容错控制、可靠性、剩余寿命估计等安全控制问题。进行相关理论瓶颈问题的研究，发表一批高水平论文，在国际上取得较广泛的学术影响；申请一批国家发明专利，典型的技术达到应用或转化水平。
主任：何潇教授
生命科学与信息科学的深度交叉与融合是未来科学发展的一个重要趋势，从人类基因组计划完成到人类细胞图谱计划的启动，随着人类对基因组信息认识从局部到系统、从只读到读写、从解读到设计的飞速发展，生命系统已经成为信息科学的重要研究对象之一。
清华大学自动化系生物信息学研究中心是在李衍达院士带领下从上世纪九十年代开始发展的前沿交叉学科研究基地，是清华大学交叉学科学术特区，交叉学科建设获国家级教学成果奖，2017年获得国家自然科学基金创新研究群体，先后主持国家973计划新一代测序生物信息学项目、国家重点研发计划精准医学数据挖掘与关键信息技术项目、陈扎克伯格基金会人类细胞图谱项目等。
研究中心主要研究方向包括：生物和医学大数据的机器学习和人工智能分析的理论、方法与应用，单细胞基因组学与人类细胞图谱，网络药理学与中医药现代化，合成与系统生物学，各种新一代测序数据的分析，医学遗传学，医学影像与医学大数据区块链应用等。
智能车路协同技术是当今国际智能交通领域的前沿技术和必然发展趋势，是构建新一代智能交通系统的关键技术。车路协同与自动驾驶技术的成功融合，极大地拓展和加速了自动驾驶技术的研究与应用，具有更为广阔的发展空间。研究车路协同环境下自动驾驶的基础理论和关键技术，将对解决复杂混合交通系统群体智能决策与协同控制问题起到重要的支撑作用。
车路协同与自动驾驶研究中心主要由智能交通研究团队成员组成，并联合状态感知、大数据技术和系统工程领域的教师组成；现有教授4人、副教授3人、博士后4人，以及博士生10余人、硕士生30余人。中心团队发展10余年来，提出和建立了我国智能车路协同技术与系统体系，并研究未来基于车路协同环境下的复杂混合交通系统群体智能决策与协同控制理论及方法；创新性地提出了基于车路协同的自动驾驶技术路线，为进一步深入研究智能车路协同与自动驾驶关键技术奠定了充分和扎实的基础。
研究中心将面向未来车路协同环境下人车路异构交通主体构成的新型混合交通系统，结合国家十三五重点研发计划和国家自然科学基金重点项目，以车路协同环境为基础平台，以提升交通安全和效率为目的，重点研究复杂混合交通系统群体智能决策机理与协同控制理论，攻克基于车路协同的协同感知关键技术、车辆群体智能协同控制关键技术以及大规模网联车辆安全风险涌现、信息融合和协同控制等共性关键技术；突破基于车路协同的自动驾驶技术瓶颈，构建完整和系统化的自动驾驶技术解决方案，并在相关典型应用中得以示范。
化学品探测技术中心（以下简称“探测中心”）是危爆物品扫描探测技术国家工程实验室（国家发改委批准）和危险化学品遥测与应急技术科技研发平台（国家应急管理部批准）的建设支撑团队。探测中心立足未爆化学弹处置、面向化学毒剂恐怖袭击事件和高危化学品工业事故应急处置，主要研究方向如下：
（1）埋地和水域未爆化学弹探测技术。针对埋地和水域的未爆化学弹，重点研制水陆两用磁法探测仪，同时研制专用的金属探测器和铯光泵探测仪作为辅助，建立埋地和水域未爆化学弹探测方法、技术体系和作业流程。此成果还可应用于大型场馆排爆和埋地管网探测。
（2）大气高危化学品的红外遥测报警器。针对未爆化学弹作业现场和高危化学品事故应急处置现场的场景监测，研制大气高危化学品的红外遥测报警器，以提供“探得准、探得全、探得远、探得快”的大气高危化学品识别装备。此成果还可应用于石化系统作业场所的常规巡检。
（3）太赫兹痕量探测分析仪。研制实验室级的太赫兹痕量探测分析仪，为化学实验过程提供观测科研仪器。研制便携式的太赫兹痕量探测分析仪，为未爆化学弹作业现场和高危化学品事故应急处置现场，提供快速、原位、便捷、准确的事故物质监检测仪器。
（4）危险化学品泄漏源定位技术与系统。借助监检测仪器，与合作单位共同研制离子迁移谱和光纤传感器，搭载自行研制的服务机器人平台，形成空地一体化高危化学品探测体系，进而建立多组合验证和更新迭代的泄漏源定位反算方法和系统。此成果可用于泄漏未爆化学弹的定位，也可用于石化和燃气系统泄漏源的早期发现。
（5）大规模群体紧急疏散理论、方法与系统。在高危化学品大气扩散事故场景下，导入微型机器人群试验方法，开展大规模群体疏散过程的“模型-仿真-机器人群试验”的系统性研究。结合我国国情特征，研制人车路协同疏散理论、方法、技术与系统，服务于核化事故应急场景。
针对国家重大任务需求，智能机器人研究中心以空间机器人、高机动自主轮式机器人、多功能可重构智能灵巧操控机器人为研究对象，在新概念刚柔共融机器人的智能控制、复杂环境中的高鲁棒性机器人设计、极端动作空间中的动态平衡控制与规划、变拓扑刚柔耦合复合动力学动态快速重构、变拓扑刚柔耦合系统的分布式协同控制技术等关键科学问题上取得突破；中心开展多项工程化应用研究，承担国家重大工程项目，实现工程演示验证。
中心现有教授/研究员3名，副教授/副研究员4名，助理研究员2名。中心成员承担多项863重点项目，国家自然科学基金项目。曾获国家科技进步特等奖，军队科技进步一等奖等科技奖励。
从制造走向服务是《中国制造2025》战略中指出的企业转型方向，而服务互联网（Internet of service）也成为当前研究的热点，2019年我国重点研发计划第一次设立和资助了关于服务互联网理论与技术的项目。为了加强在智能服务系统方面的研究，凝聚相关专业研究人员的力量，提高承担重大项目的能力，促进在该领域的学科发展，提升学术研究水平，成立了智能服务系统研究中心。
智能服务系统研究中心由系统集成研究所（国家 CIMS 工程技术研究中心）有关教师为骨干力量组建的跨学科研究机构。现有教授 1 人、副教授3人、工程师 1 人。本中心面向国民经济主战场，以人工智能、大数据、服务计算技术等为核心技术，与国外、国内相关研究机构、大专院校、企业开展广泛深入的交流与合作，开展智能服务系统相关的理论、方法、技术的研究，以及系统和工程的应用开发，促进智能服务系统这一新兴学科的发展。中心主要研究方向包括：信息化战略管理、工作流管理、服务计算、服务资源管理与优化、智能旅游服务平台、仿真与虚拟制造服务、数字化医疗服务、区块链技术及其应用等。
中心现正承担国家重点研发计划项目《服务互联网理论与技术》、《智能工厂虚实融合建模、仿真运行与动态重构技术》、国家重点项目《多智能体协同行为决策模型》、国家自然科学基金项目《基于深度学习和链路预测的服务组合与推荐方法》，企业重大合作项目《集成电路先进封装生产线故障分析与预测算法研究》，《智能制造协同设计创新平台研发》等。开发了北京智能旅游服务平台，并已经在微信公众号中发布（北京智能旅游）。
清华大学自动化系智能生物制药与生物治疗研究中心面向癌症、自身免疫性疾病和神经系统疾病等重大疾病的精准诊断与治疗领域的国家重大需求，以多学科交叉方式开展智能生物制药与生物治疗技术研究及应用，主要涉及以“细胞工厂”智能构建与调控为核心的合成生物智造技术、人工智能驱动的创新药物和生物治疗技术研发及应用。中心现有专兼职研究人员20余人（含在校博士生和硕士生）。中心与国内多家企业和医院建立了合作关系，具有良好的研发和实验验证条件。
